Wat is een Protein Data Bank (PDB)-bestand? Hoe te openen en te bekijken in Windows 11?

Een eiwitgegevensbankbestand (PDB) is een bestandsindeling die wordt gebruikt om driedimensionale biologische gegevens op te slaan. PDB-bestanden worden vaak gebruikt om gegevens over eiwitten, nucleïnezuren en andere biomoleculen op te slaan. PDB-bestanden kunnen op verschillende manieren worden bekeken, onder meer via software zoals PyMOL en VMD. In Windows 11 kunt u een PDB-bestand openen door naar de Verkenner te gaan, op het tabblad Weergave te klikken en vervolgens de optie te selecteren om verborgen bestanden en mappen weer te geven. Zodra u dit hebt gedaan, zou u het PDB-bestand moeten kunnen vinden dat u wilt bekijken. PDB-bestanden zijn een belangrijk hulpmiddel voor wetenschappers die met biomoleculen werken, omdat ze de visualisatie en analyse van gegevens in drie dimensies mogelijk maken. Begrijpen hoe PDB-bestanden moeten worden geopend en bekeken, is dus een belangrijke vaardigheid voor iedereen die werkzaam is op het gebied van bio-informatica of computationele biologie.

Protein Data Bank (PDB) bestanden zijn driedimensionale moleculaire bestanden die moleculaire structuren opslaan. Als u zich nu afvraagt ​​hoe u dergelijke bestanden op pc kunt openen, zal dit bericht u interesseren. Hier zullen we PDB-bestanden in detail bespreken en hoe u dergelijke bestanden kunt bekijken in Windows 11/10. Dus, zonder verder oponthoud, laten we het eens bekijken!

Wat is een Protein Data Bank (PDB)-bestand?

Eiwit databank (PDB) is een database met 3D-structuurgegevens voor eiwitten, nucleïnezuren en andere grote moleculen. Bestand van BBP De bestandsextensie is in feite een bestand met gegevens met betrekking tot de structuur van een 3D biologisch molecuul. De gegevens omvatten atomaire coördinaten, atomaire structuren, atomaire connectiviteit, eiwitstructuur, nucleïnezuurstructuur en meer. Het bevat ook experimentele metadata.

Dit bestandsformaat wordt veel gebruikt in de bio-informatica om eiwitcoördinaten uit te wisselen. Het bevat duizenden regels die de structuur van een eiwit beschrijven. Als u nu PDB-bestanden op een Windows-pc wilt lezen of bekijken, moet u een speciale tool van derden gebruiken, aangezien daar geen native app voor is. In dit bericht bespreken we verschillende manieren om het PDB-bestand in Windows 11/10 te bekijken.

Hoe kan ik het Protein Data Bank (PDB)-bestand bekijken in Windows 11?

Er zijn twee manieren om het Protein Data Bank (PDB)-bestand in Windows 11/10 te bekijken, namelijk:

1. Gebruik gratis software om PDB-bestanden te bekijken.
2. Probeer een gratis online tool om PDB-bestanden te lezen.

1] Gebruik gratis software om PDB-bestanden te bekijken.

U kunt Windows-software van derden gebruiken waarmee u PDB-bestanden kunt openen en bekijken. Er zijn verschillende gratis desktop-apps beschikbaar voor Windows die u kunt proberen. Hier zijn enkele goede die u kunt gebruiken:

• IQmol
• Zwitsers-PdbViewer
• Cumol
• Een molecuul
• RasMol

A] IKmol

IQmol is een gratis en open source moleculaire editor en visualisatiesoftware voor Windows 11/10. Hiermee kunt u PDB bekijken, evenals verschillende andere 3D-molecuulbestanden zoals MOL, SMI, CUBE, XYZ, enz. In deze software vindt u alle belangrijke moleculaire visualisatietools. Deze tools variëren van eenvoudig tot geavanceerd. Naast het bekijken van het PDB-bestand, kunt u ook de moleculaire structuur bewerken.

Hiermee kunt u meerdere PDB-bestanden tegelijkertijd openen en ze allemaal tegelijkertijd bekijken. In het paneel Modelweergave kunt u de weergave van een of meer PDB-bestanden in- of uitschakelen.

De belangrijkste kenmerken van IQmol:

De kenmerken van deze gratis en open source PDB-bestandsviewer die u kunt bekijken, zijn:

• U kunt alle standaardhulpmiddelen voor het bladeren door bestanden vinden, inclusief inzoomen/uitzoomen (met muiswiel), pannen, roteren, volledig scherm, weergave resetten, assen tonen, enz.
• Hiermee kunt u het uiterlijk van het model aanpassen door parameters zoals arcering, omgevingslicht, diffusie, miststerkte, hooglichten, ruisintensiteit, POV-Ray-parameters, enz.
• U kunt ook atomaire labels toevoegen, zoals atoommassa, gedeeltelijke lading, NMR, spindichtheid, enz.
• Hiermee kun je de camera-instellingen naar wens aanpassen. U kunt de projectie, positie, enz. van de camera aanpassen.
• handig hebben Automatische rotatie een functie waarmee je het moleculaire model automatisch kunt roteren.
• U kunt de huidige weergave van de eiwitstructuur opslaan in een afbeeldingsindeling zoals PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, enz.
• Het stelt je ook in staat om PDB naar andere molecuulbestanden te converteren met behulp van de functie 'Opslaan als'. Ondersteunde uitvoerformaten: XYZ, MOL, MOL2, CML, etc.
• Je kunt het ook gebruiken Berekening functies te berekenen moleculaire structuur energie, krachten, PES-scan, overgangstoestand, chemische verschuivingen, geometrie, ontledingsenergie, BSSE-correctie, enzovoort.

Naast weergavefuncties krijg je een speciaal Build-menu met een set moleculaire constructiefuncties. Deze functies omvatten het toevoegen van nieuwe atomen, het invoegen van nieuwe moleculen, het minimaliseren van structuur, het instellen van isotopen en meer.

Dit is echt goede software voor moleculaire modellering waarmee je Protein Data Bank-bestanden op je pc kunt visualiseren. Als je het leuk vindt, download vanaf hier .

Zien: Chem4Word is een scheikunde-invoegtoepassing voor Microsoft Word. .

B] Zwitsers-PdbViewer

Swiss-PdbViewer is een speciale gratis PDB-bestandsviewer voor Windows 11/10. Hiermee kunt u meerdere eiwitstructuren tegelijkertijd visualiseren en analyseren. U kunt de eiwitstructuur, DNA-structuur, etc. in het PDB-bestand analyseren. Naast het PDB-bestand kunt u ook MOL- en MMCIF-bestanden openen en bekijken.

Wanneer u een PDB-bestand opent, wordt een 3D-weergave op de interface weergegeven, samen met een configuratiescherm. Het bedieningspaneel bevat algemene informatie, een lijst en een bestandstitel. U kunt de structuur eenvoudig verplaatsen, draaien, in-/uitzoomen, enz.

Hiermee kunt u ook het puntoppervlak, de basis, waterstofbruggen, krachtvectoren en meer weergeven of verbergen, afhankelijk van uw voorkeuren. U kunt ook verschillende onderdelen met verschillende kleurenschema's markeren om de structuur beter te analyseren. Daarnaast kunt u weergavefuncties gebruiken zoals Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels en meer.

Naast visualisatietools krijg je ook veel functies voor moleculaire modellering. Daarnaast bevat het ook energieberekening, H-bindingberekening, domeinanalyse, domeindetectie, 3D-motiefcreatie, kristallografische symmetrie-opbouw en andere hulpmiddelen.

Je kunt het downloaden van Officiële site .

Lezen: De beste gratis energieanalysesoftware voor Windows 11/10.

C] Qmol

Cumol is een andere gratis PDB-viewer voor Windows 11/10. Het is een macromoleculaire structuurvisualisatietool waarmee u PDB-bestanden kunt bekijken. Andere bestanden die u erin kunt openen en bekijken zijn DX, MAP, MTZ, CNS, etc.

Hiermee kunt u schakelen tussen perspectief- en orthografische weergaven, het model roteren, in-/uitzoomen, enz. U kunt het model renderen met behulp van POV-Ray en zijn animatieweergavemethoden. De gerenderde structuur kan worden opgeslagen in PNG-indeling. Er is ook een meetinstrument beschikbaar waarmee u afstand, hoek en draaiing in het model kunt meten.

U kunt ook enkele aanvullende hulpmiddelen vinden om de eiwitstructuur verder te analyseren. Deze hulpmiddelen omvatten Moleculaire superpositie, Mol-oppervlaksnijder, Mol-oppervlakgeneratie, Mol-bindingseditor, interactieanalyse, Mol-morph-animatie, enzovoort.

Het is een goede software om de eiwitstructuur in PDB-bestanden te visualiseren en te analyseren.

Zien: .LIT-optie # Hoe LIT naar EPUB of MOBI op Windows te converteren?

e-mailback-upsoftware

D] Moleculen

De volgende PDB-viewersoftware op deze lijst is Molekel. Dit is vrij oude maar krachtige software voor moleculaire visualisatie waarmee u PDB-bestanden kunt openen en bekijken. U kunt veel tools voor moleculaire visualisatie en analyse vinden waarmee u eiwitstructuren kunt analyseren.

Hiermee kunt u de weergave van moleculen, atomen, bindingen, residuen, enz. aanpassen. U kunt voor elk van hen verschillende weergavetypen kiezen, zoals Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Wire, Stick, Linear Tape, enz. Bovendien kunt u de eigenschappen van de 3D-weergave aanpassen, begrenzingsvakken weergeven/verbergen, shaders gebruiken, enz. Hiermee kunt u het PDB-bestand bekijken door de elektronendichtheid van het oppervlak van de structuur en het toevoegen van een oppervlak dat beschikbaar is voor oplosmiddel aan de structuur.

je kunt vinden Animatie een functie erin om de animatie van de structuur van het molecuul af te spelen. Het heeft ook een speciaal 'Analyse'-menu met de juiste hulpmiddelen. Met behulp van analysetools kunt u rastergegevens, rotatiedichtheid, moleculair elektrostatisch potentieel, emissiespectrum, afstand, hoek en meer voor een structuur bepalen.

Hiermee kunt u ook PDB-bestanden naar verschillende bestandsindelingen converteren. Deze formaten omvatten PDF, PS, EPS en afbeelding. Als je het leuk vindt, kun je het krijgen Hier .

Lezen: Complete Anatomy App is een waardige download voor Windows. .

E] Rasmol

U kunt RasMol ook gebruiken om PDB-bestanden te bekijken op Windows 11/10. Het is gratis en open source software waarmee je moleculaire structuren kunt visualiseren en analyseren. Het ondersteunt ook het openen en bekijken van andere bestanden zoals MOL, XYZ, CIF, MOPAC, etc.

Hiermee kunt u de structuur bekijken als een frame, schering, staven, linten, strengen, enz. U kunt ook verschillende delen van de structuur met verschillende kleuren markeren. Hiermee kunt u ook waterstofatomen, heteroatomen, schaduwen, labels, etc. tonen of verbergen volgens uw voorkeuren. U kunt ook afstand, torsie, hoek en andere waarden in een constructie meten.

Deze software is beschikbaar Hier .

Zien: De beste gratis 3D-software voor menselijke anatomie voor Windows.

2] Probeer een gratis online tool om PDB-bestanden te lezen.

U kunt ook een gratis online tool gebruiken om PDB-bestanden te openen en te bekijken. Het enige dat u hoeft te doen, is de website in een webbrowser openen en het PDB-bestand downloaden om het te bekijken. Hier zijn enkele goede gratis online PDB-viewers die u kunt proberen:

• RCSB VOB
• molsoft

A] RCSB VOB

windows kan de diagnostische beleidsservice niet starten

U kunt deze gratis online tool genaamd RCSB PDB gebruiken om Protein Data Bank-bestanden te visualiseren. Hiermee kunt u een PDB-bestand importeren en vervolgens de moleculaire structuur ervan visualiseren en analyseren.

U kunt enkele basisvisualisatiefuncties vinden, zoals zoomen, roteren, geavanceerd schakelen tussen poortweergave, camera resetten, schakelen tussen selectiemodus, enz. Hiermee kunt u ook enkele instellingen of besturingsopties aanpassen, zoals cameramodus (perspectief of orthografisch), achtergrondkleur, aan /uit. occlusie uitschakelen, mist, clipping, locatie, etc. inschakelen/uitschakelen.

Het komt met Animeren functie. Hiermee kun je de eiwitstructuur automatisch roteren. Hiermee pas je de rotatiesnelheid en -hoek aan. Je krijgt ook een speciale Meting hulpmiddel erin. Met deze tool kunt u meerdere waarden achterhalen, zoals afstand, oriëntatie, hoek en meer.

Naast deze functies zijn er verschillende andere handige tools beschikbaar: structuurmotief zoeken, componenten toevoegen, animatie-export, geometrie-export (STL, OBJ, enz.) en modelexport.

Al met al is dit echt een goede gratis online PDB-viewer met een geweldige set visualisatietools. Je kan het proberen Hier .

B] Molsoft

Molsoft is een andere online tool die kan worden gebruikt om PDB-structuren te visualiseren. Dit is een eenvoudige PDB-bestandsviewer met basisfuncties. Open het eerst Website en klik op de menuoptie met drie rijstroken. Selecteer daarna de optie 'Openen' om een ​​lokaal opgeslagen PDB-bestand te importeren of upload een bestand vanuit uw Google Drive. Wanneer u een bestand selecteert, toont het u de moleculaire structuur in de viewer.

U kunt verschillende weergavemodi gebruiken om de structuur te visualiseren. Deze weergaven omvatten wireframe, creatinefosfokinase (CPK), bal en staaf, lint en meer. U kunt eenvoudig schakelen tussen deze weergavemodi om aan uw vereisten te voldoen. Bovendien kunt u atoomlabels, residulabels, waterstofbruggen en sites in- of uitschakelen voor een beter begrip van de structuur.

Het biedt ook meetinstrumenten. U kunt afstand, platte hoek en draaihoek in het model meten. Daarnaast is er een handige functie Kleur op, waarmee je de structuur kunt kleuren op atoomtype, ketting, uitlijning, secundaire structuur, etc.

Dit is weer een goede online PDB-bestandsviewer die u gratis kunt proberen.

Hoe download ik een PDB-bestand uit de Protein Data Bank?

Om een ​​PDB-bestand van de Protein Data Bank te downloaden, kunt u de website van de Protein Data Bank bezoeken, de naam van het eiwit of macromolecuul invoeren en zoeken, zoals humaan hemoglobine, chitinase, enz. Selecteer vervolgens het bestand uit de zoekresultaten en gebruik de downloadoptie om het PDB-bestand te downloaden. Zo simpel is het.

Hoe VOB-structuren bekijken?

Moleculaire structuren van het PDB kunnen worden bekeken met behulp van een speciale online tool of softwaretoepassing. U kunt gratis software zoals IQmol, Swiss-PdbViewer en CueMol proberen om PDB-structuren op uw pc te visualiseren en te analyseren. Als je liever een online tool gebruikt, zijn er veel mogelijkheden. Probeer bijvoorbeeld webservices zoals RCSB PDB en Molsoft. Dit zijn gratis online PDB-bestandsviewers die geavanceerde tools voor moleculaire visualisatie en analyse bieden.

Hoe een PDB-bestand naar PDF converteren?

Om PDB-bestanden naar PDF te converteren, kunt u deze gratis desktop-applicatie genaamd Molekel gebruiken. Het biedt een speciale optie 'Opslaan in PDF' waarmee u het PDB-bestand naar PDF-indeling kunt converteren. U kunt het PDB-bestand openen en vervolgens op 'Bestand' > 'Opslaan in PDF' klikken om PDB naar PDF te converteren. We hebben deze software in dit bericht in detail besproken, bekijk het hierboven.

Dat is alles.

Nu lezen: De beste gratis software voor moleculaire modellering voor Windows.